El 8 de noviembre de 2017 luego de realizar tareas de adiestramiento con unidades de ota de mar y aviación naval. El submarino Ara San Juan partió de Usuahia con 44 tripulantes rumbo a la zona de Península de Valdez sobre el límite del mar argentino en la llamada llanura abisal, para continuar instruyendo a sus marinos, e intentar registrar la actividad de buques de pesca y de cualquier otra índole. 

El último contacto que tuvo la nave con la Armada Argentina sucedido el miércoles 15 de noviembre a las 7.19 am en la cual el submarino comunica la novedad de haber tenido un desperfecto en la proa del buque en la sección de baterías. El incidente en principio se habría generado por un desperfecto que en teoría fue solucionado al momento de comunicar la novedad. Y es luego de éste inconveniente que desde el centro de operaciones se le da la orden al submarino de culminar su tareas de patrullaje en la zona de Península de Valdez para regresar a su base en Mar del Plata.

A las 10.51 del día de la desaparición se había detectado una "anomalía hidroacústica" en la zona que debería haber tomado el submarino en su ruta hacia Mar del Plata a 30 millas de su última posición conocida, que fueron similares a un “evento anómalo, singular, corto, violento y no nuclear consistente con una explosión”, según aseguró el vocero de la armada Enrique Balbi. La onda sonora se registró aproximadamente tres horas más tarde de su última comunicación con la Armada Argentina, por uno de los 16 hidrófonos que hay en todo el mundo, los cuales tienen la función de registrar los sonidos que produce el mar en una zona que abarca un radio de 125 kilómetros y posee profundidades que van de los 200 hasta los 1.000, 2000 o 3.000 metros a unos 430 kilómetros al este del Golfo de San Jorge, en aguas del Atlántico sur.

Según el informe del analista Bruce Rule de la oficina de inteligencia naval de los Estados Unidos éste habría sido el último sonido que habrían escuchado los tripulantes ya que la señal acústica producida ese día equivaldría a una implosión producida por la destrucción del casco de la nave y "la presión del mar a la profundidad del colapso fue de 570PSI. La frecuencia de la señal de evento de colapso (pulso de burbuja) fue de aproximadamente 4.4 Hz". y “la energía liberada fue igual a la explosión de 12.500 libras (5.7 toneladas) de TNT a una profundidad de 1.275 pies. Esa energía fue producida por la conversión casi instantánea de energía potencial (presión del mar) a energía cinética en aproximadamente 40 milisegundos”, aseguró el especialista. Y sobre los navegantes agregó que "aunque la tripulación pudo haber sabido que el colapso era inminente, nunca supieron que estaba ocurriendo. No se ahogaron ni experimentaron dolor. La muerte fue instantánea", arma Rule y precisó, además, que "los restos de San Juan se hundieron verticalmente a una velocidad estimada entre 10 y 13 nudos y el impacto inferior no habría producido un evento acústico detectable a larga distancia".

Estos serían a "grandes rasgos", los principales indicios de que podría haber sucedido ese 15 de noviembre de 2017. Pero la única verdad es que la nave fue buscada por más de 14 buques militares de la Armada Argentina y 6 internacionales 7 naves mercantes y científicas, 5 aeronaves Argentinas y 13 internacionales; 1 satélite y decenas de buques pesqueros. A mediados de abril el gobierno nacional lanzó una convocatoria con el objetivo de contratar "un servicio de búsqueda submarina a n de localizar e identificar al submarino". Y ahora habrá que decidir entre las nueve firmas que presentaron propuestas. Para así poder tratar de hallar y saber a ciencia exacta, qué pasó con el submarino Ara San Juan.