El Tribunal conformado por los camaristas Alicia Vivian, Carolina Castagno y Gustavo Pimentel, por unanimidad, lo condenó a perpetua al encontrarlo culpable por los delitos de promoción agravada de la corrupción de menores, y abuso deshonesto, por ser encargado de la educación de los menores que tenía cargo y que lo denunciaron.

Según la interpretación de uno de los querellantes que intervino en el juicio a Justo José Ilarraz, la causa penal es la más importante en la historia de la Iglesia, no solo en la provincia de Entre Ríos sino en la República Argentina. "Estamos referenciando a un sacerdote que tenía como máxima responsabilidad el cuidado del Seminario de Menores, y tenía como misión fundamental la protección y el apoyo no solo educativo, sino principalmente espiritual. Esta persona siempre se respaldaba en la Iglesia, en la religión, para lograr en niños que eran vulnerables por sus orígenes y la problemática de sus familias. Eran niños que confiaban plenamente en la palabra de quien ejercía la tutela religiosa y ética", planteó el abogado Marcos Rodríguez Allende.

La Camarista Alicia Vivian fue la encargada de dar lectura a la sentencia: